L'Autorité de la concurrence juge que le projet de réforme ferroviaire ne garantit pas suffisamment l'indépendance du gestionnaire d'infrastructure Réseau ferré de France (RFF) vis-à-vis de la SNCF. Dans un avis sur ce projet de loi qui devait être présenté le 16 octobre au conseil des ministres, l’Autorité estime que « des mesures complémentaires devraient être prises pour conforter l'indépendance de sa gouvernance ». Cela en vue de favoriser la concurrence lorsqu’elle s’exercera dans le secteur à l’horizon 2019.
Rappelons que le projet de réforme prévoit de créer un établissement public à caractère industriel et commercial (Epic) « mère », qui conservera le nom « SNCF », chapeautant deux Epic « filles », « SNCF Réseau » et « SNCF Mobilités ».
L'Autorité de la concurrence met également en garde sur un fonctionnement de l'Epic mère, qui pourrait « rendre ineffective la séparation juridique entre le gestionnaire d'infrastructure et l'opérateur historique. Le périmètre et les missions de l'Epic méritent donc d'être clarifiés ».
Enfin, elle plaide pour le renforcement des pouvoirs de l'Araf (Autorité de régulation des autorités ferroviaires). Bien que son avis soit consultatif, l’Autorité de la concurrence devrait être entendue sur ce point-là au moins : le gendarme du rail a affirmé le 11 octobre que le ministre des Transports, Frédéric Cuvillier, s’était engagé à lui donner davantage de pouvoirs qu’initialement prévu.